Desa Bojongmalaka berdiri pada tahun 1933. Berdasarkan cerita dari para sesepuh Desa Bojongmalaka, bahwa nama Bojongmalaka berasal dari suku kata bojong dan malaka, bojong mempunyai arti suatu tempat baru dari nama sebuah perkampungan yang menjorok ke sebuah rawa lebak, dan malaka merupakan sebuah Pohon yang batangnya bengkok, tinggi hingga 10 m, kayunya dibuat arang, kulit batang digunakan sebagai bahan pewarna, buahnya berwarna hijau laut, rasanya asam sepat, dibuat asinan dan juga manisan, pohon malaka mempunyai nama latin Phyllanthus emblica.
     Dahulu asal mula berdirinya Desa Bojongmalaka terbentuk pada masa kolonialis penjajahan Belanda tetapi pada masa itu masih belum ada Kepala Desa, barulah pada tahun 1933 terbentuk Pemimpin Desa atau Kepala Desa Bojongmalaka, pada waktu itu Desa Bojongmalaka masih satu bagian dengan Desa Malakasari, baru pada tahun 1992 Desa Bojongmalaka di mekarkan menjadi dua desa yaitu Desa Bojongmalaka dan Desa Malakasari.